1、首先，必须为硝化细菌准备附着物，一般表面积大、多孔的材料最合适，如生物球、陶瓷环等,沙石也可作为附着物。
2、附着物体积应占水族箱总水体的20% 左右，而且需有充分的水流经过，不可形成死角，出现缺氧区。接下来就可以培养硝化细菌了。
3、硝化细菌一般不需要特殊接种培养,运转正常的水族箱附着物上会自然生长出硝化细菌,在淡水水族箱中培育出成熟的硝化细菌需要1~2 周的时间,海水水族箱约需要1个月。
4、硝化细菌在没有氨氮的情况下生长量是很少的，如此时放人大量的鱼，则硝化细菌无法承担分解氨氮的工作，因此在培养硝化细菌时必须在水中添加氨氮，以刺激其大量生长。
5、使用的方法是先放入少量的鱼，待硝化细菌成熟后再逐步增加放鱼的数量。如急需使用大量的硝化细菌，也可采用接种的方式,放入一些市汤上出售的硝化细菌成品，可在5 天内建立起一个良好的生态系统。
6、硝化细菌对生存环境要求不高，与鱼类生存环境相仿,甚至更宽松些,但水质过度酸化、缺氧和对附着物过分的清洗均会对硝化细菌造成损害，因此，不要长时间关闭循环过滤系统,也不可用硝化细菌附着物做初级滤材。