水色是水体的颜色表现，不同的水体因所含溶解色素、腐殖质、悬浮微粒、透明度、氮磷钾含量及有效辐射吸收作用等不同。
形成适合不同藻类群体生存和繁衍的生态环境，在太阳下就呈现出不同的水色。因此，水质与水色和藻类的关系既相关又复杂。
水色与藻类的关系
藻类群落的胞形状、大小、适应性分布和体色是水色的重要内容，是水体环境质量的外观表现。
藻类是水体中的一类主要悬浮物质。不同藻类除了叶绿素外还含有各自的特征色素。
色素适应机制
色素对光的选择性吸收和漫反射不同而使藻体看起来具有不同的颜色：这些不同藻类的分层分布，有利于充分利用阳光和空问，是对环境的一种适应机制；
藻类类群是水色的表征
同时不同藻类种类和数量的空间分层分布使水体具有各种各样的水色。一般情况下藻类类群是水色的表征，不同水色下的藻类群落结构不同；而藻类生活在一定的营养中，水体营养状况是水色的重要影响因子 。各种藻类对光照条件的适应而改变颜色的现象更是广泛存在。因此判断水色不仅要根据不同藻类种类和颜色，且要结合具体情况进行综合分析。
水色的调节和水质控制
不同水体对水色有不同的要求，养殖水体希望水色“肥、活、嫩、爽”。
施肥
施肥可促使藻类繁殖，改善水色，施肥改变水色的根本原因在于水体的肥力状况，决定了藻类的生长繁殖情况和水体的优势种群，并对藻类种群的演替方向施加潜在的影响。
注水
添换新水可延缓和防止水质老化；养殖水体也可以通过更换一定量的新水来调节水质和水色。加注新水，是改良水质最好的办法。
接种
需要为水体营造某种水色时，可以定向接种某类或某些藻类，并添加一定的营养物质促使这些藻类大量快速生长，得到期望的水色。
抑制
利用生存竞争规律来抑制某些有害生物生长繁殖；养殖生产中，水色都是水体理化性状的一个综合表征，是水质好坏的一面镜子，对水色的科学合理判断离不开对水体藻类的观察分析。
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